Alguns meses atrás resolvi testar o Thunderbird que estava saindo a versão 3.0 p/ manter as várias contas de emails que tenho. Em princípio, as funcionalidades básicas dele atendem muito bem. Está rápido, não quebra com caixas postais grandes com IMAP, até a integração com o Zimbra funcionando bem.
Para usuário acostumado com Thunderbird (no Debian é Icedove) é rotineiro fazer a tarefa dentro dele de "Condensar pastas" mas minha surpresa é que a versão 3.0 usa SQLite para indexar e pesquisar as mensagens. Ele usa o SQLite para outras coisas como controle de cookies, permissões, etc.
Após realizar com frequência minha tarefa como usuário de "Condensar pastas", alguns arquivos SQLite do Thunderbir continuam demasiadamente grandes (500MB o global-messages-db.sqlite).
Tem vários site/blogs na internet que mostram como compactar os arquivos SQLite com o comando VACUUM, mas como existem muitas aplicações baseadas no motor (Gecko) do Firefox e Thunderbird, terá que montar um script que pode usar frequentemente semanalmente.
$for i in $(find -name "*.sqlite" -print); do echo $i && echo "VACUUM;" | sqlite3 $i; done
Isso só funciona em Linux, no windows não tenho a menor idéias de como fazer.
Claro que isso só funciona se as aplicações baseadas no Gecko estiverem fechadas. 
Um incômodo recorrente é que as vezes a base de pesquisa do Thunderbird não está sincronizado com as mensagens armazenadas. Algumas vezes o pesquisa retorna o texto de uma mensagem que não está mais lá. Acredito que seja ajuste fino para uma próxima versão ou para quem se aventurar no "about:config".
Tire o 'e' no final do comando.
[]s
done