Recentemente aprendi algumas destas lições do pior modo, quando após alguns meses de uso a performace do programa se tornou impossível.

Como você diz, a maior parte do problema era como a aplicação usava o banco de dados, que foi muito aperfeiçoada, e mais o uso de alguns recursos do próprio banco de dados que ajudaram bastante.

Não sou DBA nem estudo Banco de Dados(ainda!), mas uma boa modelagem e refatoração na aplicação já faz milagres.